Добрый день. После восстановления бекапа центральной базы у клиента начались проблемы с обменом с периферийками. А именно с миграцией конфигурации.
При втяжке изменений центральной базы на периферии как положено выводится сообщение, что нужно войти в конфигуратор и втянуть изменения. Так и делаем.
Потом при загрузке данных в центральную базу опять выводит сообщение, что конфигурации отличаются, хотя они уже должны быть идентичны.

Далее я пробовал на центральной базе сохранить конфыгурацию в файл. После этого сразу в той же центральной базе делаю сравнить-объеденить с этим же только-что выгруженным файлом конфигурации, и при сравнении 1С показывает, что конфигурации отличаются!!! Причем отличается только корень конфигурации. Чем именно посмотреть нельзя.
В чем может быть проблема и как ее решить?

Хочу уточнить. При обмене конфигурация не втягивается в периферийку, так как выдает сообщение "Структура конфигурации повреждена"

Я не в теме, но:

Так уже делали. После этого при втяжке даных через обмен все равно выдает сообщение что есть изменения в конфигурации. Я потому и делал тест: Выгружал cf-ник, а потом сразу сравнивал и объединял с той самой базой - и были различия в корне конфигурации. Может она выгружается не полностью.

Может подскажите какие-то утилиты по исправлению конфигурации, или подскажете где что попробовать изменить, в какой таблице (база в серверном варианте, DB2).

Попробуйте не через объединение, а загрузить измененную конфигурацию. Про копии не забываем.
В посте Ardi это тоже упоминается.

Бекапов наделали много. Пробовали и четез сравнение/объединение, и через полную замену конфигурации - одинаково.

Втянули конфигурацию из тестовой копии той же базы - ошибка формата потока ...