Бухгалтерия озадачила: если и оплата, и поступление товара, были в текущем месяце, то, независимо от дат и порядка проведения документов оплаты и прихода, НДС всегда была на счете 6415.
Покопавшись в коде, решение вскоре нашлось: в глобальном модуле ищем процедуру глРассчитатьСуммуО(..), и строку

ИтЗак.ВыполнитьЗапрос(ТекДок,,СчетИтогов,,,,,"СВ");

заменяем на

ИтЗак.ВыполнитьЗапрос(НачМесяца(ТекДок.ДатаДок),,СчетИтогов,,,,,"СВ");