Нужно временно отключить при проведении реализации проверку остатков по бух учету. (Перепровести старые документы изменив одну галочку). Можно это зделать штатными средстваими? Или без хирургического вмешательства никак?

Настройка параметров учета -> Параметры бухучета -> Аналитический учет -> Отключить контроль отрицательных остатков.