Скажите как реализовать механизм. Справочник номенклатуры пользователь не может редактировать если на него войти, но у него есть обработка которая загружает номенклатуру из другой базы с проверкой и изменениями существующей! Вопрос как дать доступ на запись справочника только из под обработки?

Нашёл как) Перед процедурой ставим УстановитьПривилегированныйРежим(Истина);

1. В правах можно поставить дать право Изменение (изменение не интерактивное, например, из обработки), но не Редактирование (это изменение интерактивное).
2. В обработке в нужном месте вставить:

УстановитьПривилегированныйРежим(Истина);
// делаем что-то, на что прав нету, но мы хотим именно тут это позволить
УстановитьПривилегированныйРежим(Ложь);