Делаю отбор по контрагенту в форме списка:

Отбор = Новый Структура("Контрагент", Контрагент); 
Форма = ОткрытьФорму("Документ.СчетНаОплатуПокупателю.Форма.ФормаВыбора",Отбор);
Форма.Открыть();

А открывается все-равно все документы. Что может быть не так?

Вы не делаете отбор по контрагенту.
Вы создали структуру с именем "Отбор". Эту структуру передаете в форму выбора в качестве параметров.

Для установки отбора по контрагенту достаточно сделать это:

Форма = ПолучитьФорму("Документ.СчетНаОплатуПокупателю.ФормаВыбора");
Форма.Отбор.Контрагент.Установить(Контрагент);
Форма.Открыть();

Попробуйте так

ФормаВыбора = Документы.СчетНаОплатуПокупателю.ПолучитьФормуВыбора();
ФормаВыбора.Отбор.Контрагент.Установить(Контрагент);
ФормаВыбора.Открыть();

Спасибо.
Я понял свою ошибку.