Наша компания-экспедитор организует международные перевозки для заказчиков-резидентов, привлекая перевозчика-нерезидента.
Заказчику выставляем счет, в котором выделяем:
вознаграждение экспедитора — это наша плата за предоставленные услуги по организации перевозки (в т.ч НДС 20%);
компенсацию расходов на организацию перевозки (возмещение расходов перевозчика-нерезидента, не является объектом обложения НДС ) — это транзитные суммы, которые к нашему доходу не относятся.

Подскажите, пожалуйста как организовать такой учет в 1С Управление торговым предприятием для Украины", редакция 1.2., 8.3.
Какими документами проводить данные операции, какие должны быть проводки.
Заранее благодарна

Вашего заказчика-резидента не интересует, какие расходы вы понесли, выполняя его заказ. Есть счет, НДС и документ, соответственно, "Реализация товаров и услуг" на сумму заказа в грн.
С другой стороны - есть услуги, полученные от поставщика-не резидента (в валюте и без НДС). Документ, описывающий эту хозяйственную операцию, будет называться "Поступление товаров и услуг".
Смешивать все это в одну кучу - просто нельзя.