Т.к. надо было импортировать номенклатуру со старыми кодами, импорт сделал как есть ,т.е. без "00000" перед кодом, поэтому предполагаю что нумерация не работает, что можете посоветовать, как восстановить автонумерацию оставив старые коды
(может сделать процедурку, которая будет искать самое большое число по кодам + 1 = мой код новой позиции?)

Взять обработку Универсальные подбор и обработка объектов с ИТС-а и там есть перенумерация.

А если Вам уж так дОроги старые коды - добавьте в справочник реквизит СтарыйКод.
Перенести туда код можно той же обработкой - написать Произвольный алгоритм в две строчки.