Составляется заказ покупателю, на основании вводиться ПКО, как сделать так что бы в анализе заказа не оплата проходила, а предоплата?

Такой порядок действий в отношении заказа и есть оплата.
Если хотите отслеживать в анализе заказа именно предоплату по отгрузкам, то надо переписывать сам анализ.

Ясно, просто там поле ПРЕДОПЛАТА, думал есть какие то нюансы по предоплате

Показатель "Предоплата" привязан к условиям договора - минимальный размер предоплаты по заказу.