При ручном вводе номера документа вижу сообщение:
"Номер заполняется при записи автоматически.
Продолжить редактирование?"

Как избавиться от этого сообщения?

Нужно во многих документах писать номера вручную, но не во всех. В части документов нужна автонумерация, если номер не введен вручную.

Вручную нужно нумеровать Заказы покупателей, остальное на автомате.

Где то писали что нужно смотреть регистр сведений "Стратегии автонумерации".
Но у меня такого пункта в регистрах сведений нет, и ничего наподобие тоже не наблюдаю.

"Сервіс" - "Службові" - "Настройка стратегії редагування номерів (кодів) об'єктів."
Потім для гарантії зробити "Оновлення сиситема" в томуж меню

Это вы в какой конфигурации смотрели?

Не в УНФ, это точно.