Подскажите пожалуйста, возможно ли автоматически настроить номер счета, т.е. буквенную его часть, чтобы для каждого пользователя 1с она была индивидуальной, в настоящий момент используется префикс организации. версия 1с 8.2(8.2.14.533) УТП, конфигурация редакция 1.2 (1.2.3.1)

Можно но нужно дописывать что бы из пользователя вытягивал префикс и впихывал в номер и при этом надо будет или переписать или написать новую процедуру нумерациии.

Да и собственно в каких документах это надо делать во всех или в некоторых...

Полностью, согласен, без программирования не обойтись.
Попробуйте отработать событие - ПриУстановкеНовогоНомера - если для одного документа или подписку на событие ПриУстановкеНовогоНомераДокумента (если типовую допиливаете, если самописка - создайте) - если нужно для всех или нескольких.