Подскажите пожалуйста, возможно ли автоматически настроить номер счета, т.е. буквенную его часть, чтобы для каждого пользователя 1с она была индивидуальной, в настоящий момент используется префикс организации.

Можно. Тема закрыта. Если хотите ответа на вопрос "как?" - читайте правила, создавайте тему в правильном разделе и оформляйте её как положено.