Для предприятий подведомственных закупается спирт, выставляют счет, как у себя регистрировать счет с акцизом и ндс, дальше расходные накладные на перемещение тоже с акцизом, не графы акциза

Вероятно дорабатывать конфигурацию. Или отдельной номенклатурой (без НДС) выделять эту сумму.

Создать справочник ставки акциза. Привязать к ТМЦ. В документах прописать расчет АС. Вообщем дорабатывать как сказали выше.