Если на дату подачи НДС-отчетности сумма средств на счете в СЕА НДС плательщика налога превышает сумму, подлежащую перечислению в бюджет в соответствии с налоговой отчетностью, налогоплательщик вправе подать в контролирующий орган в составе такой налоговой отчетности заявление, согласно которому такие средства подлежат перечислению на счет такого плательщика НДС, реквизиты которого указаны в заявлении, в сумме остатка средств, которая превышает сумму налогового долга по НДС и сумму согласованных налоговых обязательств по НДС.

На сумму налога, которая согласно поданному заявлению подлежит перечислению на счет налогоплательщика, на момент подачи заявления уменьшается значение регистрационной суммы, путем уменьшения на такую сумму показателя общей суммы пополнения счета в СЕА НДС с текущего счета плательщика.

Перечисление средств на текущий счет плательщика может осуществляться в случае, если такое уменьшение общей суммы пополнения электронного счета не приведет к формированию отрицательного значения регистрационной суммы.

Таким образом, сумма средств, которые были возвращены из бюджета на счет плательщика в СЕА НДС, может быть перечислена на текущий счет такого плательщика только в случае наличия достаточной регистрационной суммы.

В то же время, понятие «средства, зачисленные на счет в СЕА НДС» и «регистрационная сумма» не являются одинаковыми.