Здравствуйте, подскажите как можна получить анализ по нескольким (выбранным) счетам, в разрезе контрагентов

Отчеты -> Анализ субконто. Субконто = Контрагент, Отбор - счет = нужные счета.

Спасибо.

а как можно реализовать следующее:
у контрагента есть товары из собственной продукции и нет, как можно ее разделить по счетам если она продавалась в одной накладной

В "бухгалтерии" вероятно никак там же нет партионного учета, например в УПП это можно было бы вытащить через "Статус партии".
Хотя можете попробовать написать отчетец, который будет отбирать/группировать по "Типу документа партии" из кредита регистра бухгалтерии. Посмотрите в ПВХ - виды субконто, какие типы доков есть у субконто "Партии", и как-то собственно вот )

Может просто в карточке номенклатуры создать признак с нашей продукции или нет. И по этому уже делать отбор

Может. Только тогда надо предусмотреть что бы номенклатура имеющая соответствующие признаки не могла проводиться в тех документах в которых она не должна проводиться, на программном уровне, иначе грош цена такой аналитике.

Нет номенклатура должна проводится во всех доках, просто нужно будет в отчете их выводить в отдельных колонках и все

Как это во всех? При дебетовом обороте - номенклатура "Продукция/Своя" должна проводится только в отчете производства и оприходовании, номенклатура "Купленная" только в ПТУ, и т.д.
Иначе, допустим в ПТУ можно будет случайно выбрать номенклатуру с типом "Продукция" и смысл полученных данных в отчете как бы нулевой...

Ну в принципе да, но здесь немножко другая ситуация, есть, например два товара, на изготовление одного используется сырье изготовлено самим производителем, а для другого нужно сырье покупать, а само сырье мы не продаем.

Моя твоя не понимать ))

Вот так и надо было сразу написать...
Не знаю структуру вашей базы, но возможно можно использовать отдельную номенклатурную группу, например "Полуфабрикаты", для сырья которое производится для последующего производства, что бы не ковырять конфигурацию.

А в этом есть смысл. Действительно можно группу создать где можно будет различить товары. Спс.