Столкнулся с такой проблемкой : программа не сохраняет НЕКОТОРЫЕ настройки. А именно : настройки списка - после повторного открытия программы настройки пропадают.
Также во внешней обработке клент-банка при каждом запуске 1с в настойках обработки приходится выбирать каталог продукта и путь к файлу иморта (экспорта). Бухгалтер в панике

Сами настройки пользователя (Севис/настойки пользователя/основные значения для подстановки и т. д.) сохраняются, то есть, здесь проблем нет.
Ситуация наблюдается как на клиенте так и на сервере. И даже в офисе. Независимо от платформы. Тестирование и исправление результата не даёт.
Конфигурация "Бухгалтерский учёт для Украины" с незначительными доработками. По словам бухгалтера проблема возникла при очередном обновлении
с 23 на 24 релиз. База уже обновлена до 2-й редакции - не лечится...

Может кто-то подскажет что это за настройки и где копать??

Надобно скорее всего подчистить все папки кеша 1С. Лежат примерно в таких местах C:\Documents and Settings\User\Local Settings\Application Data\1C\1Cv82 и C:\Documents and Settings\User\Application Data\1C\1Cv82. Надобно удалить на всех тачках пользователей там папки типа "d410e7fc-e8a1-49e5-8e9a-9e935c864f5e", это же надо сделать в профилях пользователей на сервере.
Самым первым минусом будет то что настройки вида документов и справочников будут стандартными (дефолтные так сказать). Но зато после изменений \ выхода из система \ повторного запуска 1С все будет на месте.

Растолкуйте всё-таки детальнее что именно не сохраняется? какие-такие списки?

А вообще, для того что сохранялись настройки, нужно либо вручную прописать сохранение, восстановление настроек, либо (для обработок и отчетов) указать в свойствах формы что она сохраняет значения и указать какие именно сохранять значения.

Проблема решилась просто: опытным путём установлено, что не сохранялись настройки только ОДНОГО из пользователей. Удалил - создал заново. Всё..