При выполнении операции "Удаление помеченных объектов", записи на физическом уровне не удаляются, и размер базы с течением времени значительно увеличивается. Для сжатия баз воспользуйтесь меню Конфигуратора - Выгрузить/Загрузить. Сначала данные надо выгрузить (меню "Файл" - "Выгрузить данные"). А затем из файла, в который были выгружены данные, их надо загрузить (меню "Файл" - "Загрузить данные"). После выполнения этой процедуры освобождается место, занимаемое удаленными записями.
Перед выполнением этой операции рекомендуется сделать архивную копию информационной базы.

Сделал все как описано после этого база увеличилась в размере. Но надо отдать должное в заархивированном виде стала меньше немного.

В конфигураторе есть специальный режим "Тестирование .... упаковка", по моему.

Тестирование и упаковка штука хорошая но размер базы существенно не меняет