Не могу понять по какому принципу группируется номенклатура в случае такого запроса:

ВЫБРАТЬ
    ТаблицаТовары.Ссылка КАК Ссылка,
    МИНИМУМ(ТаблицаТовары.Номенклатура) КАК Номенклатура
ИЗ
    Документ.ИнвентаризацияТоваровНаСкладе.Товары КАК ТаблицаТовары

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ТаблицаТовары.Ссылка

Проще говоря, каким образом выбирается соответствие номенклатуры ссылке на документ?

Группируется по каждому документу

Да, каждому документу ставится в соответствие строка табличной части, вот только выбирается эта строка не понятно по какому признаку.

Поищите в интернете как по МИНИМУМ()-у сравниваются строки. Заодно и нам расскажите