Необходима сквозная нумерация по НН и Приложению 2 (например, нумератор). Достаточно в реестре в запросе убрать первую группировку по датам (и, соответственно, подправить их обход), добавить упорядочивание НН по НомерДок (для текстовых номеров пройдет, если нет префикса). И, если нет пропущенных номеров, вопрос решен.
Цитата
А как быть с нумерацией актов выполненных работ(без ндс)
Как вариант, выписка налоговых накладных без НДС на основании таких актов. Если немного подправить реестр, можно при внесении таких НН устанавливать вид документа БО.