В отчет попадают движения по документам (ППИ) в которых СтавкаНДС = БезНДС и СуммаНДС = 0 причем сумма вылазит в колонке Расхождения, ожидая по логике отчета, что данные обязательства будут закрываться
Налоговой накладной, а её в принципе не ожидается.
Как можно решить данный вопрос ?

Я нашел такое решение. По Контрагенту создать новый договор в котором в свойствах реквизита СхемаНалоговогоУчета - МоментОпределенияБазыНДСПоПокупкам и МоментОпределенияБазыНДСПоПродажам ставить НеОпределять. Но насколько это правильно с точки зрения влияние на другие направления учета, не вылезит ли это где-нибудь в другом месте ?

Не вылезет.
Но обратите внимание, что для отражения таких операций в декларации по НДС есть отдельная строка, которая заполняться не будет.
Если предприятие вообще не является плательщиком можно снять флаг "учитывать НДС" по кнопке цены и валюта. Он автоматически проставляется в зависимости от учетной политики организации.

Егор Динин @ Сегодня, 12:27 необходимо зарегистрироваться для просмотра ссылки,

Спасибо