К концу 2007 года ЕГАИС функционировала устойчиво, но из-за отсутствия некоторых функций и необходимых отчётов система не позволяла осуществлять полное наблюдение рынка. При этом из-под действия системы были выведены оптовые предприятия, что в конечном итоге делало саму идею ЕГАИС неполноценной, поскольку отсутствовали все элементы цепи «производитель — потребитель».

В докладе, направленном министром финансов премьеру Михаилу Фрадкову 7 августа 2006 года признавалось, что ЕГАИС фактически не работает:

К причинам сложившейся ситуации относится неготовность технических средств и программного обеспечения ЕГАИС. Это до сих пор не позволяет получить в ходе работы ЕГАИС информацию об объёмах поставленной и отпущенной в розничную сеть продукции. ЕГАИС на данный момент не позволяет осуществлять мониторинг рынка.[1]

В ноябре 2007 года было начато внедрение новой версии ЕГАИС, разработанной другой организацией — Главным научно-исследовательским вычислительным центром Федеральной налоговой службы (ФГУП «ГНИВЦ ФНС»). Закончить внедрение было запланировано в конце этого же года, однако из-за недоработок разработчиков системы (более 500 человек) сроки перехода на новую версию постоянно сдвигались.

С 1 января 2016 года незарегистрированные в ЕГАИС дистрибьюторы не смогут принимать отгрузки от производителей и законно поставлять крепкие напитки, вино, пиво, сидр, медовуху и пуарэ в розницу. Однако на 1 ноября к системе подключено менее 5 % оптовых предприятий России