1. Есть заказ поставщику. Товар попдает в свободный ожидаемый остаток.
2. Есть поступление товаров и услуг. Товар снимается со свободного ожидаемого и ложиться на склад.
3. Есть возврат части этого поступления (брак или пересорт) и эта часть опять попадает в свободный ожидаемый остаток.

Вопрос: то, что товар после возврата попадает в свободный ожидаемый остаток - это логика или баг системы? если логика, то в чём она?

В том, что если у вас количество в заказе и в поступлении не совпадает, то заказ нужно закрывать "Закрытием заказа поставщику".
Поставка отменилась - закрываем заказ.
Не довезли часть товара - закрываем заказ.
Даже если привезли больше - закрываем заказ, иначе будет отрицательный ожидаемый приход.