В в виртуальной таблице регистре накопления ОстаткиИОбороты имеются поля НачальныйОстаток и КонечныйОстаток. При использовании группировки например по измерению я суммирую обороты (это нормально), а что сделать с остатками, чтобы они показывали остаток на начало и конец периода по группировке? По умолчанию конструктор суммирует остатки по каждому обороту - от этого остатки искажаются.
П.с. Данные по группировке выводятся выше оборотов...

Использовать СКД. И кто такой Конструктор, который живет сам по себе

Ну что значит - сам по себе? Когда создаешь группировки и переносишь числовые реквизиты в нижнее окно - автоматом подставляется суммирование. Можно выбрать другие варианты, но ни один из них не подходит.

Вот вездесущий СКД... А без него что-нить можно сделать?

Правильно написать запрос.
А СКД позаботиться об этом сама.

Запрос в студию.
+ на всякий случай, проверьте сначало вот это необходимо зарегистрироваться для просмотра ссылки

Покажу конструктор...

Отсюда получается, что группировка суммирует значения остатков на начало и конец периода для каждой записи, а мне нужно чистое значение остатков на начало и конец.

Я бы сделал вложенный запрос именно с остатками, а потом к первой результирующей таблице прикрутил остатки из вложенного запроса.

Когда просят запрос, надо давать запрос, мы здесь в них чуток разбираемся...
Из конструктора не ясно как у Вас так получилось что суммы дублируются ( по остаткам )
Видно Вы где - то соединяете таблицы ( при чем не правильно ).
Если бы это было классический запрос из виртуальной таблицы, то проблем не было - бы, т.к. она получает остатки в разрезе имеющихся измерений.
К примеру взаиморасчеты с контрагентами( 361 счет).
Если выбрать :

ВЫБРАТЬ
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.СуммаНачальныйОстаток
ИЗ
    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ОстаткиИОбороты(, , , , Счет В ИЕРАРХИИ (&Счет361), , ) КАК ХозрасчетныйОстаткиИОбороты

Даст к примеру результат
Вася, 10 (грн)
Петя, 20 (грн)
Если выбрать :

ВЫБРАТЬ
        ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто2,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.СуммаНачальныйОстаток
    ИЗ
    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ОстаткиИОбороты(, , , , Счет В ИЕРАРХИИ (&Счет361), , ) КАК ХозрасчетныйОстаткиИОбороты

Получится :
Вася, договор1 ,2 (грн)
Вася, договор2 ,8 (грн)
Петя, договор (фиктивный), 5 (грн)
Петя, договор (фиктивный), 8 (грн)
Петя, договор (фиктивный), 7 (грн)
Что характерно виртуальные таблицу уже дают сгруппированные данные в разрезе своих измерений ( не путать с реквизитами )
А вто если соединить эту виртуальную таблицу к примеру :

ВЫБРАТЬ
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто2,
    СУММА(ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.СуммаНачальныйОстаток) КАК СуммаНачальныйОстаток,
    Валюты.Ссылка
ИЗ
    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ОстаткиИОбороты(, , , , Счет В ИЕРАРХИИ (&Счет361), , ) КАК ХозрасчетныйОстаткиИОбороты
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Валюты КАК Валюты
        ПО (ИСТИНА)

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1,
    ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто2,
    Валюты.Ссылка

То у Вас выйдут умноженные суммы ( фактически на количество элементов справочника валюты)

Ааааа, ну все ясно, что там токое скрылось : "ПриходРасход" ?