Есть кто-нить, кто документ "Отражение Взаиморасчетов С Контрагентами В 1-ДФ" автоматом заполняет?

Судя по моим исследованиям, этот документ в принципе, правильно автоматом заполнится не должен.

Нашу УПП я исправил, но интересует, как с ним вообще люди работают, все вручную заполняют?

Тут у всех УПП и все работают именно с этим документом, и конечно в курсе всех глюков всех программ

Не совсем понял, это ирония или констатация печального факта. В модуле документа, в процедуре "ЗаполнитьЧП()" нужно исправить текст запроса:

ТекстЗапроса = "                                                                                        
    |ВЫБРАТЬ
    |    ОстакиОбороты.Контрагент    КАК Контрагент,
    |    СУММА(ОстакиОбороты.УдержНДФЛ)  КАК УдержНДФЛ,
    |    СУММА(ВЫБОР    КОГДА (ОстакиОбороты.ОбКт -ОстакиОбороты.ОстДт + ВЫБОР    КОГДА ОстакиОбороты.Возврат < 0 ТОГДА ОстакиОбороты.Возврат ИНАЧЕ 0 КОНЕЦ )
    |    > (ОстакиОбороты.обДт - ОстакиОбороты.ОстКт - ВЫБОР    КОГДА ОстакиОбороты.Возврат > 0 ТОГДА ОстакиОбороты.Возврат ИНАЧЕ 0 КОНЕЦ)
    |            ТОГДА (ОстакиОбороты.ОбКт-ОстакиОбороты.ОстДт  + ВЫБОР    КОГДА ОстакиОбороты.Возврат < 0 ТОГДА ОстакиОбороты.Возврат ИНАЧЕ 0 КОНЕЦ)  // отнимаем возвраты товаром
    |            ИНАЧЕ (ОстакиОбороты.обДт -ОстакиОбороты.ОстКт - ВЫБОР    КОГДА ОстакиОбороты.Возврат > 0 ТОГДА ОстакиОбороты.Возврат ИНАЧЕ 0 КОНЕЦ)  // отнимаем возвраты деньгами  
    |        КОНЕЦ)  КАК НачисленоДохода
    |    
    |    ИЗ(
    |        ВЫБРАТЬ
    |            Хозрасчетный.Контрагент    КАК Контрагент,
    |            Хозрасчетный.Договор    КАК Договор,
    |            СУММА(Хозрасчетный.УдержНДФЛ)  КАК УдержНДФЛ,
    |            СУММА(Хозрасчетный.ОстКт)  КАК ОстКт,
    |            СУММА(Хозрасчетный.ОстДт)  КАК ОстДт,
    |            СУММА(Хозрасчетный.ОбКт)  КАК ОбКт,
    |            СУММА(Хозрасчетный.ОбДт)  КАК ОбДт,
    |            СУММА(Хозрасчетный.Возврат)  КАК Возврат
    |        ИЗ (
    |                ВЫБРАТЬ
    |                    ХозрасчетныйОбороты.Субконто1    КАК Контрагент,
    |                    ХозрасчетныйОбороты.Субконто2    КАК Договор,
    |                       0                                 КАК УдержНДФЛ,
    |                    ХозрасчетныйОбороты.СуммаОстатокДт  КАК ОстДт,
    |                    ХозрасчетныйОбороты.СуммаОстатокКт  КАК ОстКт,
    |                    0  КАК ОбДт,
    |                    0  КАК ОбКт,
    |                    0  КАК Возврат
    |                    
    
    |                ИЗ РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(&НачалоПериода, Счет В ИЕРАРХИИ (&СписокСчетов), , Организация = &парамОрганизация) КАК ХозрасчетныйОбороты
    
    |                ГДЕ ХозрасчетныйОбороты.Субконто1.ЮрФизЛицо = &ЧП
    
    |                ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ
    |                ВЫБРАТЬ
    |                    ХозрасчетныйОбороты.Субконто1    КАК Контрагент,
    |                    ХозрасчетныйОбороты.Субконто2    КАК Договор,
    |                    ВЫБОР КОГДА ХозрасчетныйОбороты.КорСчет в (&Счет6411)
    |                               ТОГДА ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборотДт
    |                               ИНАЧЕ 0 КОНЕЦ                         КАК УдержНДФЛ,
    |                    0  КАК ОстДт,
    |                    0  КАК ОстКт,
    |                    ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборотДт  КАК ОбДт,
    |                    0  КАК ОбКт,
    |                    ВЫБОР КОГДА ХозрасчетныйОбороты.КорСчет в (&СписокСчетовАвансы)    //черезСчет авансов
    |                               ТОГДА ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборотКт 
    |                               ИНАЧЕ 0 КОНЕЦ                         КАК Возврат
    |                    
    // Исправлена ошибка: перепутаны счета поставщиков и авансов
    //|                ИЗ РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Обороты(&НачалоПериода, &КонецПериода, ДЕНЬ, Счет В ИЕРАРХИИ (&СписокСчетовАвансы), , Организация = &парамОрганизация, , ) КАК ХозрасчетныйОбороты
    |                ИЗ РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Обороты(&НачалоПериода, &КонецПериода, ДЕНЬ, Счет В ИЕРАРХИИ (&СписокСчетовПоставщики), , Организация = &парамОрганизация, , ) КАК ХозрасчетныйОбороты
    |
    |                ГДЕ ХозрасчетныйОбороты.Субконто1.ЮрФизЛицо = &ЧП
    
    |                ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ
    |                ВЫБРАТЬ
    |                    ХозрасчетныйОбороты.Субконто1    КАК Контрагент,
    |                    ХозрасчетныйОбороты.Субконто2    КАК Договор,
    |                    ВЫБОР КОГДА ХозрасчетныйОбороты.КорСчет в (&Счет6411)
    |                               ТОГДА ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборотДт
    |                               ИНАЧЕ 0 КОНЕЦ                         КАК УдержНДФЛ,
    |                    0  КАК ОстДт,
    |                    0  КАК ОстКт,
    |                    0  КАК ОбДт,
    |                    ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборотКт  КАК ОбКт,
    |                    ВЫБОР КОГДА ХозрасчетныйОбороты.КорСчет в (&СписокСчетовАвансы)    //черезСчет авансов
    |                               ТОГДА -ХозрасчетныйОбороты.СуммаОборотДт 
    |                               ИНАЧЕ 0 КОНЕЦ                         КАК Возврат
    |                    
    // Исправлена ошибка: перепутаны счета поставщиков и авансов
    //|                ИЗ РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Обороты(&НачалоПериода, &КонецПериода, ДЕНЬ, Счет В ИЕРАРХИИ (&СписокСчетовПоставщики), , Организация = &парамОрганизация, , ) КАК ХозрасчетныйОбороты
    |                ИЗ РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Обороты(&НачалоПериода, &КонецПериода, ДЕНЬ, Счет В ИЕРАРХИИ (&СписокСчетовАвансы), , Организация = &парамОрганизация, , ) КАК ХозрасчетныйОбороты
    |
    |                ГДЕ ХозрасчетныйОбороты.Субконто1.ЮрФизЛицо = &ЧП
    |          ) КАК Хозрасчетный
    |
    |        СГРУППИРОВАТЬ ПО 
    |            Хозрасчетный.Контрагент,
    |            Хозрасчетный.Договор
    |    ) КАК ОстакиОбороты    
    |
    |ГДЕ
    |    (ВЫБОР    КОГДА (ОстакиОбороты.ОбКт-ОстакиОбороты.ОстДт) > (ОстакиОбороты.обДт -ОстакиОбороты.ОстКт)
    |            ТОГДА (ОстакиОбороты.ОбКт-ОстакиОбороты.ОстДт)
    |            ИНАЧЕ (ОстакиОбороты.обДт -ОстакиОбороты.ОстКт)
    |        КОНЕЦ) > 0
    |
    |СГРУППИРОВАТЬ ПО 
    |    ОстакиОбороты.Контрагент    
    |   
    |";

Кроме того, видно, что документ попросту недоделан: в ТЧ присутствуют колонки "ПеречисленныйДоход" и "ПеречисленныйНалог", которые никак не заполняются и не используются при проведении, а зря: при небольшой доработке они очень помогают заполнять отчет по 1-ДФ при "разорванных" между кварталами взаиморасчетах.

Помещаем эти реквизиты ТЧ на форму и модифицируем 2 кусочка в модуле

Функция СформироватьЗапросПоНДФЛ(Режим)

    Запрос = Новый Запрос;

    // Установим параметры запроса
    Запрос.УстановитьПараметр("ДокументСсылка", Ссылка);

    // Описание текста запроса:
    // 1. Выборка "ТЧНДФЛ": 
    //        Выбираются строки документа.  
    //
    ТекстЗапроса = "ВЫБРАТЬ
                   |    ТЧНДФЛ.НомерСтроки КАК НомерСтроки,
                   |    ТЧНДФЛ.Контрагент,
                   |    ТЧНДФЛ.ВидДохода,
                   |    ТЧНДФЛ.Доход,

                   |    ТЧНДФЛ.ПеречисленныйДоход,
                   |    ТЧНДФЛ.ПеречисленныйНалог, 

                   |    ТЧНДФЛ.Налог
                   |ИЗ
                   |    Документ." + Метаданные().Имя + ".НДФЛ КАК ТЧНДФЛ
                   |
                   |ГДЕ
                   |    ТЧНДФЛ.Ссылка = &ДокументСсылка";
    
    Запрос.Текст = ТекстЗапроса;
    
    Возврат Запрос.Выполнить();

КонецФункции // СформироватьЗапросПоРаботникиОрганизации()

Процедура ДобавитьСтрокуВДвиженияПоРегистрамНакопления(ВыборкаПоШапкеДокумента, ТекСтрокаНДФЛ, ВидДвижения)
    
    // исправляем ситуацию с "разорванными" взаиморасчетами, когда платеж идет в одном квартале, а акт вып. работ в другом
    
    Если ТекСтрокаНДФЛ.Доход <> 0    
        ИЛИ ТекСтрокаНДФЛ.Налог <> 0
        Тогда
        
        Движение = Движения.ВзаиморасчетыПоНДФЛ.Добавить();
        // Свойства
        Движение.ВидДвижения        = ВидДвиженияНакопления.Приход;
        Движение.Период                = Дата;
        // Измерения
        Движение.ПериодВзаиморасчетов    = ВыборкаПоШапкеДокумента.ПериодРегистрации;
        Движение.ВидСтавки            = Перечисления.ВидыСтавокНДФЛ.Основная;
        Движение.Организация        = ВыборкаПоШапкеДокумента.Организация;
        Движение.Сотрудник            = ТекСтрокаНДФЛ.Контрагент;
        Движение.ДоходНДФЛ            = ТекСтрокаНДФЛ.ВидДохода;
        // Ресурсы
        Движение.Доход = ТекСтрокаНДФЛ.Доход;
        Движение.Налог = ТекСтрокаНДФЛ.Налог;
        
    КонецЕсли;    
    
    Если ТекСтрокаНДФЛ.ПеречисленныйДоход<>0
        ИЛИ ТекСтрокаНДФЛ.ПеречисленныйНалог<>0 Тогда
    
        // если налог не начислен сразу закрываем сумму дохода для 1Дф
        Движение = Движения.ВзаиморасчетыПоНДФЛ.Добавить();
        // Свойства
        Движение.ВидДвижения        = ВидДвиженияНакопления.Расход;
        Движение.Период                = Дата;
        // Измерения
        Движение.ПериодВзаиморасчетов    = ВыборкаПоШапкеДокумента.ПериодРегистрации;
        Движение.ВидСтавки            = Перечисления.ВидыСтавокНДФЛ.Основная;
        Движение.Организация        = ВыборкаПоШапкеДокумента.Организация;
        Движение.Сотрудник            = ТекСтрокаНДФЛ.Контрагент;
        Движение.ДоходНДФЛ            = ТекСтрокаНДФЛ.ВидДохода;
        // Ресурсы
        Движение.Доход = ТекСтрокаНДФЛ.ПеречисленныйДоход;
        Движение.Налог = ТекСтрокаНДФЛ.ПеречисленныйНалог;
        
    КонецЕсли;
    
    
КонецПроцедуры // ДобавитьСтрокуВДвиженияПоРегистрамСведений

Это намек на то, чтобы Вы четко сформулировали вопрос, что именно не получается и где возникла проблема.
Я не сталкивался с тем , чтобы пользователи жаловались на "перепутанные счета" или не корректное заполнение документа. Бывает жалуются на то, что при заполнении анализируются счета расчетов и авансов (63, 36, 371, 681 и т д.), но не учитываются прочие счета взаиморасчетов, такие как 685 или 377.
Заполнение перечисленного налога нужно далеко не всегда, часто бухгалтера показывают доход, но НДФЛ за него не платят.