При создании документа "Реализация товаров и услуг" подтянулись не все позиции из "Заказа покупателя".

С чем это может быть связано? Это программа анализирует управленческие остатки, и подтягивает только то, что есть на складе? Можно ли эту проверку отключить?

Нет.

Я правильно понимаю, если вводить накладную на основании Счета фактуры то проверка доступного остатка не происходит и программа переносит все что есть в счете?

Вы не можете продать того, чего нет на складе. Если хотите отключить Заказ, то надо
в Договоре на продажу сделать по настройку по договору в целом, а не по Заказам.