Если период больничного листа не полностью входит в период отчета по больничным листам(больничный с 20.11.10 по 5.12.10, а отчет за ноябрь) то данные с этого больничного не учитываются в отчете. Это так сделано по умолчанию или же это у меня что то не так работает?

Если Вы про отчет в соцстрах, то больничный включается в тот месяц в котором его начислили.