В розничный магазин регулярно приходуются товары документом ПоступлениеТоваровИУслуг. Например, днем поступили товары и в связи с изминением цены поставщика нужно увеличить розничную цену. Мы формируем и проводим для этих товаров УстановкаЦенНоменклатуры..потом ПереоценкаТоваровВРознице...потом проводим Поступление ТоваровИУслуг. Если в магазине были остатки, то они ПЕРЕОЦЕНИВАЮТСЯ, а те что пришли, приходуются уже по новой розничной цене. Это было предисловие:
 

Теперь дальше: некоторые из этих товаров с утра (до поступления новых) были проданы документом Чек ККМ через Интерфейс Кассира и висят в чеках, кассовая смена еще не закрыта....И вот пока они висят в чеках, все работает как надо,документ переоценки их не трогает (они же уже проданы..... по старой розничной цене).


Но как только вечером мы закрываем смену, чеки удаляются, вместо них сформирован ОтчетОРозничныхПродажах ( время-вечером, а значит уже после ПЕРЕОЦЕНКИ И ПОСТУПЛЕНИЯ НОВЫХ ТОВАРОВ.)...и вот сдесь все считает уже криво. Товары, проданные с утра по старой розничной цене и висели в чеках, списываются с розничного склада по новой розничной цене а Продажная стоимость оставшихся теперь КРИВАЯ. Что мы неправильно делаем? Это недостаток программы? Я предупредил, чтоб перед проведением ПЕРЕОЦЕНОК всегда закрывали смены, но нигде не встречал разъяснений или предупреждений по этому поводу.

Все Вы делаете правильно и я бы не сказал что это недостаток программы. Скорее всего это недостаток отсутствия учетной политики которая должна предусматривать время проведения переоценок в торговых точках.
А переоценка по логике вещей должна производится только на начало торгового дня (или суток для круглосуточной торговли).
Поэтому переоценку в 1С необходимо производить после закрытия смены на кассе (в конце торгового дня). Таким образом перед открытием торговой точки у Вас свежие цены которые действую весь торговый день.
Насчет новых цен среди дня - Вы вполне можете знать о том, что завтра днем будут новые цены уже сегодня вечером. И с утра продавать товары закупленные по старой цене уже по новой розничной (если это конечно не противоречит условиям продаж регулируемым государством).

А еще может вылезти недостаток фискального модуля, при переоценки товара без закрытия кассовой смены, ФР может регистрировать продажу только по первой цене, или отказаться регистрировать продажу вообще.

Просто удобнее всего ,и наименее трудоемко, заполнять документы УстановкаЦенНоменклатуры а потом и ПереоценкаТоваровВРознице из ,уже сформированного, документа ПоступлениеТоваровИУслуг , который у нас заполняется с помощью сканера фактически поступившими товарами.

Мне всегда казалось, что процесс правильнее выглядит как: 1. Установка цен менеджером, 2. Переоценка в рознице, 3. Прием товаров приемщиком (которому в цены лезть не надо, а только сверить с накладной поставщика). Разумеется такая система замечательно работает когда цены согласовываются до поставки (в принципе это и есть правильный подход - согласование условий и стоимости поставки до самой поставки).

Если у Вас четко регламентированный процесс торговли, то можно было бы автоматизировать процесс переоценки. Расскажу на примере одной из организаций (с одной оговоркой - процесс торговли круглосуточный, кассовая смена закрывается один раз в сутки при смене кассира):
Установки цен производятся в главном офисе. Установка происходит индивидуально для каждой торговой точки, т.е. для конкретного склада или группы складов.
У каждого склада (торговой точки) есть параметр хранящий дату(время) последней переоценки. После закрытия смены кассы запускается обработка которая определяет необходимость произвести переоценку, если есть что переоценивать, то автоматически создается документ переоценки, и для оператора который работает с накладными автоматически формируется отчет о изменениях цен (на его основании меняются ценники в торг.зале). Приемка товаров происходит так же оператором, он только сверяет входные цены накладной поставщика с теми которые у него автоматом заполняются в накладной. Т.е. входные цены оговариваются с поставщиком заранее, если входные цены имеют отклонение более +/- 0,02 грн., оператор или не принимает товар или договаривается о замене накладной.