при выполнении метода
Excel.Save(выбКаталог+выбФайл);
открывается диалог сохранения файла экселя. При этом сохраняется два файла: тот, что задан в скобках и тот, что выбираешь в экселевском диалоге.
нужно просто молча, тихо мирно сохранять его по пути, что в скобках.

А если использовать Excel.SaveAs(""); ?

Поле агрегатного объекта не обнаружено (SaveAs)

Что есть "Excel"?
Какое итоговое значение "выбКаталог+выбФайл"?
Не помешало бы выложить немного больше кода...

оопс! Вот где собака была зарыта.
SaveAs - это метод не объекта Application, а книги (workbook)
Вот правильный вариант:

    Excel=СоздатьОбъект("Excel.Application");
    Excel.Visible = 0;
    Excel.DisplayAlerts = 0;
    Книга = Excel.WorkBooks.Add();
//..................................................................
    Книга.SaveAs(выбКаталог+выбФайл);
    Excel.Visible = 1;

А я делал так:

    Excel=СоздатьОбъект("Excel.Application");
    Excel.Visible = 0;
    Excel.DisplayAlerts = 0;
    Книга = Excel.WorkBooks.Add();
//..................................................................
    Книга.SaveAs(выбКаталог+выбФайл);
    Excel.Visible = 1;

Из контекста разговора, получается, что вы изначально делали так:

Excel.SaveAs(выбКаталог+выбФайл);

Ну да, а очень изначально вот так: Excel.Save(выбКаталог+выбФайл) но ошибся при наборе и не нашел как отредактировать пост.

у меня работает так:

Если ФС.СуществуетФайл("D:\DOK_1C.xls")=1 тогда
ФС.УдалитьФайл("D:\DOK_1C.xls");
КонецЕсли;

// текст обработки

Книга.SaveAs("D:\DOK_1C.xls");