Пишет "операция не выполнена"
Однако можно назначить номер счёта вручную, и операцию можно провести.
Как вернуть автоматическое назначение?
Версия 8.1, обновляли последний раз в июне или июле

Вы сбили автоматическую нумерацию документов, откройте список документов и упорядочите их по номеру. Вы сразу увидите номера присвоенные не системой, исправьте порядок руками. И дальше все станет на свое место.

Да, там сбит порядок. Но документов с неправильной нумерацией - несколько тысяч. Есть ли обработки для этого?

В нете должны быть. Если не критично изменять номера то напиши сам - 10 минут работы.

100% - есть на дисках ИТС такая обработка. Много раз пользовался для справочников и документов. Если соберетесь писать обработку сами советую смотреть на последний правильный номер, а дальше делать перенумеровывание.

З.Ы.: А как же те документы которые были выданы клиентам???

Тогда может попробовать найти документ с самым большим номером и ввести новый документ и присвоить ему (руками) номер больше найденного