Если договор о признании электронных документов заключается в электронной форме, то электронная цифровая подпись налогоплательщика и его должностных лиц импортируются в базу сертификатов вместе с договором. Поэтому для импорта в базу сертификатов новой ЭЦП указанный договор необходимо перезаключить.
Об этом в разъяснении от 14.05.2014 г. напоминает Миндоходов.
По материалам: необходимо зарегистрироваться для просмотра ссылки