Отчет о розничных продажах за день и выручка за день не совпадают. Какие могут быть варианты, но кроме хищения денежных средств?

Цены меняются каждый день.
Перепутали цену где-то.

1) только помечаем ЧекККМ (правим обработку Закрытие смены с гашением (z-отчет)).
2) Сверили с бумажечками (те что вылезли с ФР).
3) Наказали.
п.с. желательно втихаря.

...но, например позавчера разница в 1100 грн., а вчера в грн. 650???

В чем проблема проверить первичные данные? Чеки, остатки товаров и т.д. Учетная система отражает реалии, она не скажет куда делись деньги, это вопрос административный. Другое дело, что после сверки первичных документов и остатков, выяснилось, что врет все таки 1С, то надо разбираться.

А когда и после чего они перестали совпадать?
Раньше все было нормально?
Вы уверены, что не производилось доработок конфигурации?

До этого стояла 7 версия. Сменили на 8 УТ. Некоторое время в чеках и в конфигурации не установлено было даже ПДВ (+-две, три недели).