////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    ДанныеГрафика.ОсновноеЗначениеФактическийПериодДействия,
    ДанныеГрафика.ПериодРегистрации,
    ДанныеГрафика.Регистратор,
    ДанныеГрафика.НомерСтроки,
    ДанныеГрафика.ВидРасчета,
    ДанныеГрафика.ПериодДействия,
    ДанныеГрафика.ПериодДействияНачало,
    ДанныеГрафика.ПериодДействияКонец,
    ДанныеГрафика.БазовыйПериодНачало,
    ДанныеГрафика.БазовыйПериодКонец
ИЗ
    РегистрРасчета.ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций.ДанныеГрафика(
            ВидРасчета.КатегорияРасчета = &парамКатегорияНачисления
                И Регистратор = &парамРегистратор
                И Авторасчет
                И Сотрудник В (&парамСотрудники)) КАК ДанныеГрафика

Запрос возвращает NULL в одной из строк в поле "ОсновноеЗначениеФактическийПериодДействия"
это может свидетельствовать о бардаке в базе?

ВЫБРАТЬ ДанныеГрафика.ОсновноеЗначениеФактическийПериодДействия ИЗ РегистрРасчета.ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций.ДанныеГрафика(
                ВидРасчета.КатегорияРасчета = &парамКатегорияНачисления
                    И Регистратор = &парамРегистратор
                    И Авторасчет
                    И Сотрудник В (&парамСотрудники)) КАК ДанныеГрафика

Если ПериодРегистрации = ПериодДействия тогда возвращает 12 иначе null.
Если документ НачислениеЗарплатыРаботникамОрганизации не проведен, тогда 12 в любом случае.
т.е. вытеснение происходит по периоду регистрации, а не по периоду действия.

Как начислять переходящие больничные? Часть больничного в прошлом месяце (зарплата уже начислена и проведена), часть в текущем - зарплата еще не начислена.

В типовом ЗУПе надо указать в реквизите "Первичный б/л" больничный по котрому был расчет. Это если продолжение больничного.

нет. не продолжение. просто больничный начат в прошлом месяце.