Подскажите, какими правильно провести документами в 1с 8.2 перемещение денежных средств с одного подразделения (то есть филиала) в другое подразделение одного предприятия, при этом учитывая все бухгалтерские проводки? Это очень необходимо при инкассации денег на банковский счет.

Платежное поручение входящее, вид операции "Перевод на другой счет" или как-то так.

В данной конфигурации не предусмотрено перемещение ДС между подразделениями.
Можно создать РКО в подразделении которое отдает ср-ва, вид операции Прочий расход, счет учета 301 и указать нужное подразделение (у вас же включен учет по обособленным подразделениям?).
Либо в подразделении которое принимает деньги создать ПКО. При такой манипуляции проводки по БУ будут сделаны корректные, но в одном из подразделений в кассовой книге не будет записи (это если вы пользуетесь кассовой книгой в 1С), т.к. не будет ордера.

У нас получается в подразделении есть счет на который идет инкассация со всех подразделений. Но когда проводишь РКО и ПКО по подразделениям, то получается,что на счете 333 по подразделениям отображаются остатки и счет не закрывается.

Сворачивайте аналитику операцией.
А что это за настройка, что по 33 счету аналитика по подразделениям?