С самого начала работы просиходит этот глюк. По остаткам на 281 товар есть, но накладная не проводится. Никаких качественных учетов не ведется, один склад, никаких резеров за покупателями также не оформляется. Конфигурация чистая, не изменялась.

Если при заполнении табличной части накладной использовать "Подбор", то в окне подбора в колонке "Остатки" отрицательные остатки. А по 281 остаток есть и он положительный.

Потом что-то происходит, непонятно что и при каких обтоятельствах, и накладная проводится как ни в чем не бывало.

неправильно введены первонач. остатки. удалить их и ввести правильно.
2. при проведении задним числом проводит так как перестает проверять оперативные остатки.

похоже дело в этом. остатки вводились с помощью обычной ручной проводки.
документы как правило оформляются задним числом.

тогда
1) правильно ли я понимаю, сейчас нужно удалить те ручные проводки, и вместо них создать документ "оприходование товара"?
2) как собственно правильно вводить документы задним числом?

Да.


Так и вводить на свой страх и риск, но потом не забывать делать восстановление последовательности. Но по возможности операции по вводу даннх задним числом сводить к минимуму.