В документах в УПП есть галочки - управленческого учета и бухгалтерского.
1С-ник нам сказал что можно различать учет и вести их отдельно, играясь этими галочками
Например- Если надо провести док в упр. учете, то ставим галку "упр", а если надо по бухгалтерскому, то ставим "бух"
Корректно ли это?

Корректно.
Странно, что начиная учет в такой конфигурации вы ленитесь читать литературу из коробки.

А отчеты разные будут?
По счетам одно, а по отчетам по регистрам другое? так же?

Конечно отчеты будут разные, в этой конфигурации отчеты по упр. и бух. учету разные. Вы же понимаете разницу между управленческим и бухгалтерским учетом?

Да вот в том то и дело что понимаю и не хочу такую схему, лучше две базы иметь

Оркестр гремит басами,
Трубач выдувает медь,
Думайте сами, решайте сами –
Иметь или не иметь...