Завожу закупочные цен отдельным документом в Установке цен номенклатуры. Вид цен "закупка". Он является базовым для расчёта других цен.
Есть поступление товаров и услуг, есть документ доп. расходов к этому поступлению.

Вопрос 1. Как сделать так, чтоб когда я заполнял по поступлению табличную часть в документе "закупка" сюда подставлялись цены из поступления уже с доп. расхода на основании метода распределения расходов (цена,кол-во) ?

Или логика этих доп. расходов другая?

Вопрос 2. Правильно ли это - заводить закупочную цену как отдельный тип цен или всё как-то решается галочкой "регистрировать цены поставщика"?

Судя по вопросу у Вас не Бухгалтерия. Скорее УТП, УТ или УПП
Цены можно рассчитывать от установленного типа цен, в том числе и зафиксированного при поступлении.
1. Рассчитывать цены от текущей себестоимости не получится. Кроме доп. расходов себестоимость может увеличиваться и ГТД, а если несколько партий с разной стоимостью, какую брать? Можно заказать несложную доработку.
2. Достаточно регистрировать цены поставщика. Или на основании поступления ввести документ "Установка цен контрагентов".
2. И все таки конфигурацию озвучьте...