Конф. Бухгалтерия для Украины. Сотруднику за 5 дней начислили больничный. Как провести начисление и выплату в первой половине месяца? (предварительный расчет) Удержания почему-то расчитываются как 3,6% а не 2%.

Аванс (если не лезть в дебри) это заработная плата за фактически отработанное время в первой половине месяца. Поэтому 1С при предварительном расчете понимает только этот показатель. Хотите выплатить больше - изменяйте суммы вручную.
Только вы должны учесть, что в данном случае вы выплачиваете увеличенный аванс, а не производите выплату больничного (как вы заметили это связанно с налогами), больничный закроется в окончательной выплате, и никак иначе.