Объясните есть ли существенная разница в том - "ндс в том числе и ндс сверху"
Согласно математике (3+2 что 2+3) - не вижу! А со стороны бухгалерии?

Вроде как-то так:

ндс в том числе:
Сумма 1200 (включает уже НДС) => Сумма без НДС=1000, СуммаНДС = 200. Итого: 1200;

ндс сверху
Сумма 1200 (не включает НДС) => Сумма без НДС = 1200, СуммаНДС = 240. Итого: 1440

нет это понятно... а так, есть приход на 5грн + 1грн НДС сверху = 6грн
и есть приход на 6грн в том числе НДС 1грн = 6грн

Ну правильно. В 1 случае ндс сверху, а во втором ндс уже входит в сумму
В результате и в 1 и во 2 случае СуммаБезНДС = 5, НДС = 1.

Дело в том что НДС начислется единой суммой на сумму поставки (накладной), а должен дробиться по Номенклатуре.

погорячился.

Это влияет на бухгалтерские итоги, или не влияет?