В модуле Документа в процедуре при копировании нужно нужно очистить 3 реквизита ТЧ, которые имеют тип Справочник.Ссылка, подскажите, как реализовать?

Нужно обойти табличную часть циклом Для Каждого .. ИЗ .. и каждой нужной колонке присвоить значение Справочники.НазваниеТипаСправочника.ПустаяСсылка().

Обходите всю таблицу, сравниваете поля, и если надо - очищаете.
Более практичный способ, запросом взять из исходного объекта таблицы, в запросе очистить нужные поля, результаты запроса загрузить в новый док.

ТаблицаЦен.ЗаполнитьЗначения(Справочники.Валюты.ПолучитьПустуюСсылку(), "Валюта");