В "настройках параметров учета" на вкладе "общие" не стоит ни одной галки, все снято.

В СОВ данная позиция числится есть. Работает 2 недели, был всего один приход по этой позиции. После этого были накладные и позиция успешно списывалась.
Сейчас оформляю Накладную она не проводится, пишет:

Проведение документа "Реализация товаров и услуг 00000000031 від 30.08.2013 23:41:59":
Остатка Стиральный порошок NNNNNN с качеством Новый на складе ХХХХХХ недостаточно.
Не хватает 1 уп.; Остаток -31 уп.; Требуется 1 уп.
Остатка по организации YYYYYY товара "NNNNNN" недостаточно.
Не хватает 1 уп.; Остаток -31 уп.; Требуется 1 уп.


Если я поставлю дату 29.08.2013, то накладная проведется. Если 30 то не проводится. Всего был один приход 22.08.2013.

Уже был такая ситуация в самом начале работы. Решилось "Управление итогами" - "Виконати". Сейчас это не дейстует.

Склад один, качествекный и партионный учет не ведется (все галки сняты в самом начале работы с программой).

1С:Підприємство 8.2 (8.2.17.169)
"Управление торговым предприятием для Украины", редакция 1.2.
Разработка конфигурации: "ABBYY Ukraine", 2007-2011 (1.2.13.2)

Еще такая особенность. Сделал документ Инвентаризация товаров на складе. При заполнении выбрал "Заполнить по остаткам на складе (упр)" и мне там заполнило отрицательные остатки и всякую муть. Но когда выбрать другой пункт "Заполнить по остаткам на складе (регл)", то все заполнилось корретно как и должно быть по СОВ.

У вас данные упр.учета отличаются от данных бух.учета. Сообщение выше о отрицательном остатке относится к управленческому учету, вероятно есть документ продажи/списания отраженный только в упр.учете.

Как вариант: резервировали, а списывали не из резерва, а со склада.
Посмотрите отчет "Анализ доступности товаров на складах".