В документе реализуются 3 проводки:
1) Списывается топливо из склада на материально-ответственное лицо с помощью этой процедуры:

УправлениеЗапасамиПартионныйУчет.ДвижениеПартийТоваров(Ссылка, ТаблицаТопливо, ,Ложь , Истина, , , , ,"Перемещение на МОЛ.");

2) Потом из материально-ответственного лица списывается нормативный расход топлива:

УправлениеЗапасамиПартионныйУчет.ДвижениеПартийТоваров(Ссылка,ТаблицаТопливо, ,Ложь , Истина, , , , ,"Списание на затраты.");

3)Ну и перерасход если он есть тоже так списываеться.
Все работает нормально. Проблема в том, что если на материально-ответственному лицу, не числится нужное количество топлива, то первая проводка происходит а две остальные нет, так как предполагается что на МОЛ нет нужного количества топлива. Копируем этот документ и проводим еще раз все работает как нужно, потому что в предыдущем документе топливо переместилось.
Незнаю как решить эту проблему.

Проблема в чем?

Проблема в том, что в одном документе у нас идет и приход и расход. Расход не списывает, так еще не видет что в этом же документе пришло топливо. Следующим документов все работает, так как предыдущим был приход сделан.

Сделайте приход/расход отдельными документами (один вид документа с разными видами операции).

Запишите движения (только движения, не документ!) после прихода, и затем делайте расход.

Как их записать?

Для Каждого Движение Из Движения Цикл Движение.Записать() КонецЦикла

это же надо дописывать в общем модуле, в процедуре ДвижениеПартийТоваров? Потому что в модуле объекта у меня строится только таблица значений, с тем что нам надо оприходовать или списать?

Правильнее так

Движения.Записать();

Какой командой я понял, не могу найти в каком месте это надо написать. В модуле объекта всего одна строчка в ОбработкеПроведения, где происходят сами движения не пойму.

Так это нам надо стелепатировать и понять?

В первом моем сообщении была приведена строка которая делает проводку, я думал что такой специалист как Вы, должен сразу понять как она выподняется...

Не может быть там одной строчки. Движения расписаны в отдельных процедурах. По логике вам надо в обработке проведения записать стандартные движения, а потом добавить формирование своих движений по расходу.

В ОбработкиПроведения у меня формируется только таблица значений, ТаблицаТопливо называется. А сама процедура ДвижениеПартийТоваров из общего модуля УправлениеЗапасамиПартионныйУчет понятное дело что вмещает в себе кучю процедур и функций. Я ее в отладке от А до Я проходил уже не раз, а вот где записывать движения так и не пойму. Думал что в этом вопросе Вы мне поможете.

Стандартную таблицу пусть записывает стандартные процедуры, потом запишите движения (в конце ОбработкаПроведения), затем после записи формируйте и записывайте вашу таблицу Топливо, вероятно для этого достаточно вызвать выше указанную вами процедуру "УправлениеЗапасамиПартионныйУчет.ДвижениеПартийТоваров" по ТаблицаТопливо.

Альтернативный вариант - перед проверкой остатков дописывать остатки в ТЗ с партиями.