Имеется конфигурация ПУБ 37 релиз.
Сформировал документ "Начисление амортизации", даю на печать налоговую амортизацию, а оно мне выводит не по группам, а по другому признаку (по инверт.номерах, если я правильно понял). То есть вразброс выходит: несколько раз группу 4, потом группу 6, потом снова 4.... Это у меня или у всех? Можно переделать безболезненно?.

Можна, але обережно )) Я б зробив якусь зовнішню обробку на зразок того, як це зроблено в 8.
Бо всі зміни в ПУБ будуть у Вас потім на голові під час оновлення.

А в якій послідовності саме воно друкує.

Если не ошибаюсь группировка идет в два прохода: 1) основные средства и инвестиц.недвижимость с разбивкой по группам НУ
2) все остальное опять же по группам НУ,
по-этому и повторяются группы.
А вообще печать "корявенько" сделана.
Я для своих бухов обработочку писала с выводом двух печатных форм(в нужном им формате) по выбранному документу

Уточню
1 проход: ОС и инв.недв - по счетам износа - по группам НУ
2 проход: все оставшиеся - только по счетам износа