При формировании отчета "Структура задолженности организаций" по сотруднику Охотникова показывает минус, подскажите в какую сторону копать, и чем был вызван минус ?

Я с ЗиКом не работаю и что это за задолженности тоже не в курсе.
Но предположу, что этот минус показывает на то, что это не организация должна сотруднику, а сотрудник организации. Чем вызван - не знаю, смотрите отчет (этот или какие-то другие) с более детальной аналитикой.

ЗП состоит из начисления и выплаты. Начисление - обязательство компании выплатить сотруднику определенную сумму. Выплата - фактическая выдача денех.

Отрицательное значение говорит о том, что произошла выплата без соответствующего начисления, т.е. у сотрудника имеется долг перед компанией. Как вариант, сотруднику выплачен аванс или же, рассчитали и выплатили ЗП, потом отменили начисление.

Копать в сторону формирования расчетных ведомостей за предыдущие периоды.