В начале месяца произошел сбой в таблице БИ. Пользователи этого не заметили продолжали набивать документы. Из-за этого сбоя РКО не правильно определял предоплату и наделал проводок с непонятными суммами. При пересчете итогов ошибки исправились, но проводки с неправильными суммами остались. Лечение: сделать полный пересчет итогов, а затем перепровести РКО. После этих действий проблема решилась.

Сделал маленький эксперимент, результаты рассказываю.
Скопировал код модуля формы во внешний файл. При открытии документа считывался и выполнялся код именно из внешнего файла, а код самого модуля не выполнялся. При этом код во внешнем файле можно менять "на лету"... При открытии документа повторно, выполняется уже новый код внешнего файла. У изменении одного реквизита вызывалась процедура. Я удалил эту процедуру во внешнем файле, но оставил её в модуле формы. В результате 1С выдала ошибку, что процедура не найдена, следовательно в таком случае код модуля формы не выполняется, а выполняется только код из внешнего файла.
Из вышесказанного следует что нельзя во внешнем файле использовать только часть кода, а нужно в нём располагать весь код модуля.