Для вывода иерархического справочника в отчет с сохранением иерархии необходимо пользоваться запросом аналогичным следующему:
ВЫБРАТЬ
Номенклатура.Код,
Номенклатура.Наименование КАК Наименование,
Номенклатура.ЗакупочнаяЦена
ИЗ
Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
УПОРЯДОЧИТЬ ПО
Наименование ИЕРАРХИЯ
УПОРЯДОЧИТЬ ПО
Номенклатура.ЭтоГруппа ИЕРАРХИЯ,
Наименование
ВЫБРАТЬ
Номенклатура.Код,
Номенклатура.Наименование КАК Наименование,
Номенклатура.ЗакупочнаяЦена
ИЗ Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
ГДЕ
(Номенклатура.ЭтоГруппа = ЛОЖЬ)
УПОРЯДОЧИТЬ ПО Наименование
ИТОГИ ПО Номенклатура.Ссылка ТОЛЬКО ИЕРАРХИЯ
Украинский 1С форум: всё про 1С 8.3, 1С 8.2, 1С 8.1, 1С 8.0, 1С 7.7
https://pro1c.org.ua