Можно вернуть состояние хранилища до момента отката если есть с чего возвращать.

Например с бэкапа конфигурации. Если такового нету, то необходимо создать cf-файл с базы какого-то другого пользователя хранилища,
который еще не успел обновиться с хранилища.

- Захватить конфигурацию в хранилище
- Меню "Конфигурация" -> "Сравнить объединить с конфигурацией из файла"
- Поместить в хранилище

Если во время отката были удалены объекты конфигурации, хранящие данные (например какой-то справочник), то вновь этот справочник добавиться, но без данных
(и также у пользователей, которые успели обновиться с хранилища)