А почему Вы не хотите использовать документ "Корректировка серий товаров"? Если механизм предполагает контроль, то в таком случае будет фиксация ошибок и ненужно перепроводить документы партий

Процедура выдачи сообщения которая описана в общем модуле и модуле партионного учета в итоге вызывает Сообщить(), отключить ее, я так понимаю, нельзя.

с глобальной переменной это хорошо, но только лучше что бы по умолчанию она была ИСТИНА, т.е. в процедурах Сообщений результатов проведения партий (их вроде две) в модуле партионного учета, добавить /Если Истина Тогда/ и далее оставить "Сообщить()"
И при необходимости присваивать значение Ложь.

Но все равно не понятно зачем проводить по партиям если результат проведения значения не имеет, и все равно в последствии будет окончательное проведение. Я хотел сказать что галку ставить руками в момент окончательного проведения.

Добавить реквизит с галкой в форме "ПроводитьПартии"
В модуле ОбработкаПроведения()

УправлениеЗапасами.ДобавитьСтрокуВДеревоПолейЗапросаПоШапке(ДеревоПолейЗапросаПоШапке, "УчетнаяПолитика",  "ВестиПартионныйУчетПоСкладам",               "ВестиПартионныйУчетПоСкладам");

заменить на

Если ПроводитьПартии Тогда
УправлениеЗапасами.ДобавитьСтрокуВДеревоПолейЗапросаПоШапке(ДеревоПолейЗапросаПоШапке, "УчетнаяПолитика",  "ВестиПартионныйУчетПоСкладам",               "ВестиПартионныйУчетПоСкладам");
Иначе
УправлениеЗапасами.ДобавитьСтрокуВДеревоПолейЗапросаПоШапке(ДеревоПолейЗапросаПоШапке, "УчетнаяПолитика",  "ВестиПартионныйУчетПоСкладам",               Ложь);
КонецЕсли;

Правда надо как-то удостоверится что когда надо провести по партиям - галка будет действительно включена. Человеческий фактор

В последнее время часто встречаются кадры, у которых аннулированное свидетельство а они спокойно выписывают НН.

Я очень понимаю бухгалтеров, потому что реально проверить наличие действующего св-ва невозможно.

7.7 не знаю, но возможно можно реализовать такой же механизм как в 8-ке сделаны продажи по ЭККА - за смену накапливаются "Чеки" потом при закрытии смены они группируются в "Отчет о розн.продажах" а сами "Чеки" удаляются.
Т.е. и тут можно было бы сделать отдельный вид документа (допустим "Приход для группировки"), а затем в конце дня запускать обработку которая будет группировать документы с таким видом в одну накладную (при условии что у них будет один входящий номер) при удачном создании сгруппированной накладной удалять промежуточные.