Для конвертации 2 табличных частей в одну используем переменную "НеОчищать", которая позволяет отключить очистку табличной части приемника перед загрузкой второй табличной части источника.
В ПКГС второй табличной части в обработчике Перед обработкой укажем
Если Источник.[Ваша табличная часть].Количество() > 0 Тогда
НеОчищать = Истина;
КонецЕсли;
Бояркин В. Э., А. Филатов А. И. - 1С Предприятие 8. Конвертация данных. Обмен данными между прикладными решениями, страница 147