Пример: клиент захотел купить у нас карандаш, но его нет в наличии (остаток - 0). Я заношу его в какой-то список ожидателей этого карандаша.. Через неделю приходит партия карандашей и остаток становится больше 0. Мне вылезает оповещение, что Иван Пупкин ждёт этот карандаш - позвони ему и впарь! Такое возможно? Почему-то чувствую, что должен быть какой-то стандартный лист ожидания... Или я ошибаюсь?

Это называется учет заказов клиента.

Хотите сказать, я создам заказ с нулевым остатком, проведу его. А когда товар поступит на склад, то мне вылезет окно с напоминанием об этом заказе??

Нет. Такие напоминания надо дорабатывать. Обеспечения под заказ можно увидеть в каком-то отчете (кажется)

В УТ 3 есть 3 режима использования заказов (Администрирование -> CRM и Продажи -> Использование заказов).
В Вашем случае это - "Заказ со склада и под заказ".
Обеспечение в заказах вызывается по кнопке "Заполнить обеспечение" в заказе.

Неа. Есть отчет "Состояние выполнения заказа". Или автоматизированное РМ в разделе "Закупки" - Состояние обеспечения заказов.