Суть проблемы такова, в "Начислении зарплаты" аванс и зарплату считает правильно, а вот в "Зарплата к выплате" видит аванс и видит зарплату но в зарплате не отнимает аванс.
Пробовал создавать аванс через галку предварительный расчет результат тот же из зарплаты не отнимает(насчет того что нужно установить интервал то в самой меню диапазона для начисления зарплаты нет, диапазон можно указать если поставить галку в разделе дополнительно но тогда придется каждому сотруднику вбивать этот диапазон для 10 сотрудников может и нормально, а если их больше 100 тогда не совсем удобно). Дальше мне бросилось в глаза что в справочнике сотрудники организации можно указать плановый аванс что очень понравилось в исполнении, при таком заполнении в "Зарплате к выплате" все отлично считает но зарплата все равно у меня на весь период и не отнимает аванс с налогами.
Платформа 1С 8.2.15.318 Конфигурация "Бухгалтерия сельскохозяйственного предприятия Украины" Производитель "Ин-Агро" версия конфигурации 1.2.7.4

Вы аванс не выплатили(нет никакой платежки).Выплатите и все отнимет, только зп к выплате Аванс не забудьте в платежку подкрепить

Так и было, спасибо Вам большое)