Решил сделать небольшую заметку. Только что обнаружил, что при удалении предопределенного элемента справочника (другие объекты не проверял, но полагаю, что поведение аналогичное) из конфы - он не удаляется из базы данных, а просто в базе данных образуется помеченный на удаление элемент, но уже не предопределенный. А самое приятное (и почему я сейча пишу здесь) - это то, что не пропали нигде ссылки на удаленный элемент. Т.е. сама ссылка базе данных осталась прежняя. Не знаю, может это ещё с платформы 8.0 такое поведение, но обнаружил я это только что. Так что проверяйте и берите себе на заметку.

ЗЫ. платформа 1С:Предприятие 8.2 (8.2.15.294)

В 8-ке так и было, по крайне мере с 8.1 точно.